Trong quá trình nâng cấp ứng dụng hỗ trợ kê khai đến cuối tháng 03/2018 mới có phần mềm HTKK 3.8.2 được bổ sung thêm tờ khai có BCTC theo thông tư 133/2016. Trước khi phần mềm nâng cấp xong nhiều doanh nghiệp đã nộp BCTC theo quyết định 48/2006/QĐ-BTC, đến khi nâng cấp ứng dụng xong các doanh nghiệp phải nộp lại BCTC theo thông tư 133. Cụ thể, ngày 23/05/2018, Tổng cục thuế đã ban hành công văn 1980/TCT-KK để hướng dẫn người nộp thuế:
