Sau quyết toán, trường hợp nộp dư thì cơ quan chi trả hoàn trả hoặc bù trừ vào số thuế phát sinh kỳ sau, ngược lại sẽ thu thêm. Như vậy việc quyết toán thuế cho các trường hợp này vẫn thực hiện như với pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao.Trước đó, Bộ Tài chính quy định người lao động phải tự đến cơ quan thuế để quyết toán nhưng sau đó đã kịp sửa quy định này trước khi được thực hiện.